Nhà báo người Anh Edward Hooper công khai một giả thuyết rằng bệnh AIDS có thể xuất hiện vào cuối những năm 1950 ở Congo thuộc Bỉ bắt nguồn từ nghiên cứu của Koprowski về một loại vắc-xin bại liệt.

Tuy nhiên, cộng đồng y học bác bỏ "giả thuyết cho rằng HIV có thể đã được tạo ra bởi chương trình chủng ngừa bại liệt bằng đường uống" (oral polio vaccination, OPV),[1] và ít nhất một bài báo trên tạp chí Nature có những thông tin mâu thuẫn về vấn đề này trong đó tuyên bố rằng virus HIV-1 nhóm M có nguồn gốc từ Châu Phi 30 năm trước khi các thử nghiệm chủng ngừa bại liệt bằng đường uống được tiến hành.[18] Tạp chí Science đã bác bỏ tuyên bố của Hooper.[19]

Koprowski đã bác bỏ tuyên bố này dựa trên những phân tích của chính mình. Trong một vụ kiện tại tòa án riêng chống lại tạp chí Rolling Stone do tòa soạn đăng bài báo lặp lại những cáo buộc sai lệch tương tự. Kết quả, Koprowski đã được minh oan,[20] và nhận được 1$ - tiền bồi thường thiệt hại mang tính chất tượng trưng,[21][22]

Các báo cáo chính gốc của Koprowski từ năm 1960–61 về chiến dịch tiêm chủng của ông ở Congo thuộc Bỉ có trên trang web của Tổ chức Y tế Thế giới.[23][24][25]